С 05 августа 2009 года исполняющим обязанности генерального директора является Алексей Владимирович Воронов.

Ранее, Алексей Владимирович Воронов, с ноября 2004 года был директором по льготному лекарственному обеспечению в ГПКО "Кузбассфарма", а с февраля 2007 года - генеральным директором в ОАО «Кузбассфарма» 

Собственником ГУПАО «Фармация» является Архангельская область, а учредителем - областной департамент по управлению государственным имуществом и земельными ресурсами. Смена руководства происходит по представлению областного департамента здравоохранения, который является отраслевым департаментом и поэтому определяет политику ГУПАО «Фармация».